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En vista de este ascenso presentó en 24 de Abril de 1897 la 
renuncia del puesto de Jefe de la Sección Botánica, la que le fué 
aceptada en 10 de Mayo del mismo año. 
Se preocupó en organizar las distintas secciones en que quedó 
dividido el Museo, a fin de que con este personal fuera posible 
ordenar el inmenso material acopiado i descrito por su prede- 
cesor. 
Ayudado de este personal dirijía sus esfuerzos a la confección 
de los catálogos científicos, cuando nos sorprendió el terremoto 
en la noche del 16 de Agosto de 1906. Los daños causados por 
el fenómeno eran considerables en los costados sur i norte del 
edificio i en colecciones que se hallaban espuestas en esas sec- 
ciones; también el resto de las colecciones, principalmente las 
conservadas en alcohol, sufrió bastante. 
El 17 de Agosto de 1906, aun mui de mañana, encontramos 
al señor Philippi ocupado en salvar colecciones, ayudado por don 
Cárlos Castro Ruiz i los mozos: en ese dia se salvó lo que se 
pudo; en el costado sur, lado poniente de la gran escalinata, es- 
taban los estantes de arqueolojía, algunos completamente des - 
pedazados con las moles de murallas caídas; allí estaba Federico 
Philippi, de rodillas en medio de los escombros, escarbando i 
buscando objetos; los trozos de murallas desplomadas i paliza- 
das colgadas, pendían como otras tantas espadas de Damócles; 
pero viendo el ejemplo del jefe, el personal lo secundó. El mis- 
mo dia 17 informó al señor Ministro acerca de los destrozos, 
con suma minuciosidad, se ordenó la demolición de las partes 
peligrosas i la colocación, mas tarde, de techos provisorios. Hu- 
bo que desocupar salas, mover estantes, etc. El 30 de Enero de 
1908 pidió la refacción completa de todo el Museo, también la 
pintura i empapeladura interiores, trabajos que se terminaron 
poco ántes de la apertura del Congreso Científico; la refacción 
estuvo a cargo del señor Francisco Guzman: a pesar de la pre- 
mura del tiempo, se alcanzaron a colocar los objetos, aunque no 
todos, de modo que el Museo no desmereciera i se siguió ade. 
